「高原學園」的牆壁突然遭到某人的攻擊而被破壞。園長試圖進行「腦部移植」，針對時男跟「孩子」下手。另一方面，復興省派人追捕離開「茨城設施」的小丸跟貴留子。開著貴留丸Ⅱ號前往全新目的地的2人，更進一步的危險正逐漸逼近他們。而且，2個世界裡的「高原學園」正逐步連接在一起。