防衛隊立川基地受到來自空中的怪獸群襲擊，在隊員的奮鬥下，餘獸開始節節敗退。另一方面，保科解放所有戰力與大怪獸進行戰鬥，就在大家以為終於分出勝負之際，大怪獸的型態卻產生變化…!?卡夫卡的感應能力也對「那個變化」起了反應，此時於戰場現身的是…!? ——〝威脅〞尚未解除的第四集!!