在「博物館（MUSEUM）」瓦解後，風都重回和平，然而許多蓋亞記憶體卻流出去……左翔太郎與回歸的菲力普，一如往常地在鳴海偵探事務所當著私家偵探，解決「讓城市哭泣的壞蛋」。這次翔太郎居然碰到了來無影去無蹤的美女，而好巧不巧這次的委託人，竟然也是想拜託翔太郎找到這位「T字路口的魔女」……！在電視版「假面騎士W」結束多年後，主創三条陸老師特別親自撰寫的續篇正式開始！