本故事圍繞著五位魔法少女的成長與冒險展開。見瀧原中學二年級的少女鹿目圓，是平凡的女生。神秘轉學生曉美焰的出現，讓圓的命運開始改變。圓和朋友在回家的途中，發現焰竟然手持武器，獵殺一隻傷痕累累，名為丘比的神祕生物。風波過後，丘比希望少女們和自己簽訂契約，讓少女們成為「魔法少女」。但現實遠比圓所想的殘酷，魔法少女的真相一再衝擊著圓想成為魔法少女的想法……