高中生天宮晴輝被朋友們關在學校的倉庫裡，而少女磯波煌蘭正好就在那裡。本來這應該只是個惡作劇…但不知道為什麼，門就是打不開。兩人在經過三天的努力之後，總算是離開了倉庫。但是外面的世界卻大大改變。城市裡居然充滿了會攻擊人類的「保菌者」！