有一天，三門市內出現了「門」，無數來自異次元的侵略者「近界民」，穿過這些門，襲擊這個城市的人們。此時，一群自稱「BORDER」的人們出現，擊退近界民，並在這裡建立了基地守護和平。４年過去了，不起眼的中學生‧三雲修，阻止不良少年欺負轉學生遊真，卻因此被捲入了近界民的襲擊當中。