做夢在喝果汁的小新又偷尿床了，為了凐沒證據，小新假借小白之名偷偷挖了個大洞要把東西埋起來；沒想到，卻因為突然的大地震，小新跟爸爸媽媽就這樣掉進戰國時代裡頭。為了回到自己的時代以及幫忙解救出雪乃公主，他們踏上打倒雲黑齋的冒險旅程……。可是，時光隧道竟將大家送回平成年間，所有的人也被變成「大便」了；然後──