十五年前的巨人捕捉調查遠征──那是人類為了解開巨人的弱點所執行的一次起死回生的作戰計畫。但是，捕捉實驗中出現的１０公尺級巨人卻造成調查軍團的潰敗。於是，以研究人員身分參加遠征的武器開發年輕天才專家安海爾，此時也在逃回瑪利亞之牆的士兵陣容當中。