千空的父親‧百夜回到人類石化後的地球後，跨越數千年時空留給兒子的東西是……？另一方面，千空等人遭受司帝國的刺客襲擊。為了在這緊急狀況保護村子，大家著手研發最強武器「科學之刃」！