剛開始真的只是因為一些小小的事情。在快要放暑假的某一天，奇羅里一行人把被拆掉的「奇羅林祠堂」破片搬走，想自己親手重建「神社」。沒想到突然晴天霹靂，突如其來的雷擊打中了奇羅里和祠堂，當奇羅里醒來之後，發現自己手機裡竟跑進了一個可愛的小神˙奇羅林神。因為帶著一點這樣的小小玩心的關係，於是就展開了和平常有點不太一樣的奇妙暑假──。